水里溪

        眉溪

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        七溪：七区

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        内寮溪：枋寮乡

        东港溪：新园乡、东港镇

        保力溪：车城乡

        石牛溪：恆春镇

        狮子溪：枋山乡

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        旧浊水溪：福兴乡

        鱼寮溪：大城乡

        埤日溪：满州乡

        万丈深坑溪：满州乡

        卡社溪

        急水溪：北门区

        合欢溪

        牛挑湾溪：口湖乡

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        枫港溪：枋山乡

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        无水溪：满州乡

        南仁鬱溪：满州乡

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        刣牛溪：恆春镇

        拉布拉溪：太麻里乡

        加走寮溪

        社口溪

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        郡大溪

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        二林溪：芳苑乡

        南势湖溪：枋山乡

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        鹿野溪

        拉库音溪

        四重溪：车城乡

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        乾溪：牡丹乡

        龙溪：布袋镇

        嘉义县

        万大溪

        达仁溪：达仁乡

        前镇河：前镇区

        荖溪

        菜寮溪

        猫罗溪

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        将军溪：北门区、将军区

        港子溪：满州乡

        枋山溪：枋山乡

        大溪：牡丹乡

        朝庸溪：大武乡

        太平溪：台东市

        丹大溪

        鹿寮溪：满州乡

        前溪

        太麻里溪：太麻里乡

        利嘉溪：台东市

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

区

        屏东县

        三叠溪

        高雄市

        盐水溪：安南区、安平区

        旗山溪

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        彰化县

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        安良港大排（南势溪）：清水区

        旭海溪：牡丹乡

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        后堀溪

        知本溪：太麻里乡、台东市

        后劲溪：楠梓区

        溪仔口溪：满州乡

        港口溪：满州乡

        台南市

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        美溪

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        清水溪

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        卑南溪：台东市

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        七里溪：枋山乡

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        后港溪：芳苑乡

        金崙溪：太麻里乡

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        南兴溪：大武乡

        大武溪：大武乡

        南港溪

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        大湖口溪

        浊口溪

        台东县

        南湖溪

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        曾文溪：七区、安南区

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        宝来溪

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        志乐溪

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        陈有兰溪

        九棚溪：满州乡

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        朴子溪：东石乡

        白水溪

        重溪

        鹿耳门溪：安南区

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        社皆坑溪：车城乡

        云林县

        爱河：鼓山区、苓雅区

        隘寮溪